El 5 de febrero de 1684, los franciscanos descalzos, dieguinos, se trasladan desde la ermita de San Blas al Convento de San Diego, que entonces se llamó del Glorioso Patriarca San José, recién construido no sin muchos problemas. Aunque estaba construido el convento, la iglesia no se termino hasta el año 1699.

El 18 septiembre 1699 se estrena la iglesia de San Diego, que en un principio se llamó de San José, aunque siempre ha prevalecido el nombre de San Diego.
Se cuenta que la iglesia la comenzó en 1689 el hermano fray Francisco de Cristo, religioso de esta orden, contando sólo para su inicio con siete ducados que le dio un devoto para ella.

El año 1744 cae un rayo en el Coro del Convento de San Diego, debido al temor que ocasionó por la cercanía al Castillo de Santiago se saca de este la pólvora que se encontraba almacenada en el Castillo de Santiago y se lleva a un almacén que se realizó junto al baluarte del Espíritu Santo.

En 1835 se clausura el Convento del de San Diego; en el edificio se instaló dos años más tarde el Hospital de la Misericordia.

Por la Real Orden de 15 de enero de 1837 se accede a la petición del Ayuntamiento de cesión del antiguo convento de San Diego para la creación de un hospital de beneficencia para enfermos, pobres y transeúntes. El año 1927 el edificio sufre un incendio, trasladándose los enfermos que allí se encontraban al Castillo de Santiago, hasta el año 1932 en que finalizó la obra, por la que se incorporó la antigua Capilla al hospital. Las obras de restauración fueron sufragadas con las limosnas de algunos particulares, siendo realizada por el arquitecto municipal José Romero Barrero. Desde hace ya algunos años, el edificio del antiguo hospital fue rehabilitado, instalándose en él, el Centro de Salud del Barrio Alto sanluqueño.

La planta de la Iglesia de San Diego es de Cruz Latina, situándose en la cabecera de la misma el altar mayor, de estilo rocalla, de indudable valor artístico. Este altar mayor está presidido por la imagen de la Virgen de la Medalla Milagrosa, muy vinculada a nuestra Hermandad y a su historia.

En las naves laterales se encuentran varias capillas, figurando  nuestros Sagrados Titulares en dos de las mismas, en el siniestro del altar mayor.